Oferecida na forma de curso de especialização, a Residência Médica oferece treinamento em serviço, desenvolvido no Hospital do Servidor Público Estadual (HSPE), sob a orientação de profissionais médicos. A Residência no Iamspe é credenciada pelas Comissões Estadual e Nacional de Residência Médica. Em 2022, os Programas de Residência Médica do Iamspe ofereceram 247 vagas que se destinam às áreas de atuação, especialidades com pré-requisito e áreas básica e acesso direto, com início das atividades em 2023.